Assertore della libertà di commercio, Toniolo invece non era fautore della libera circolazione dei capitali, convinto com'era che la finanza fosse strumentale all'economia reale e non dovesse mai ridursi a mero mezzo di arricchimento, a tutto vantaggio dei pochi percettori di rendita. Prima di morire, Giuseppe Toniolo affidò a padre Agostino Gemelli il compito di realizzare una «Università Cattolica».
Dal primo gennaio 1869 fu nominato assistente alla cattedra Giuridico-politica dell'Università di Padova e nel 1873 conseguì la libera docenza in Economia politica. Fu chiamato poi come professore straordinario di Economia Politica nell'Università di Modena e Reggio Emilia (1878), per approdare definitivamente come ordinario nell'Università di Pisa, dove tenne la cattedra di Economia politica dal 1879 alla morte.
Nei suoi scritti, ed in particolare nella lezione del 3 dicembre 1873 a Padova, che viene commemorata nel convegno organizzato il 1° dicembre 2012 alle ore 9.00 nell'aula magna, Palazzo del Bo, dall'Università di Padova, dalla Facoltà Teologica del Triveneto, dall'Unione Cristiana Imprenditori Dirigenti e dal Centro Toniolo di Padova, egli sottolineava l'assoluta necessità che l'economia fosse accompagnata da scelte e comportamenti etici: “…oltre all’avidità, l’economia per operare ha bisogno di valori etici: dignità morale, spirito familiare, socialità, spirito nazionale, solidarietà universale, abnegazione al lavoro, compartecipazione dei lavoratori al profitto dell’impresa.”
Il suo insegnamento, oltre che essere alla radice dell'impegno sociale dei cattolici, costituisce la base della Dottrina Sociale della Chiesa e fu la miccia per le idee di Don Sturzo e del partito popolare nella prima metà del XX secolo.
Il Convegno, che verrà celebrato il 1° dicembre 2012 nell'Aula Magna dell'Università di Padova, propone, attraverso le relazioni del Vescovo di Assisi, Mons. Domenico SORRENTINO, postulatore della causa di beatificazione, dei proff.i TODESCAN, PECORARI e PASINATO e le conclusioni di Mons. Antonio MATTIAZZO, Vescovo di Padova, una lettura attuale nell'ottica della crisi dell'economia europea e nello spirito della “economia sociale di mercato”.
Aprono il Convegno i saluti del Magnifico Rettore dell'Università di Padova, Prof. Giuseppe ZACCARIA e del Preside della Facoltà Teologica del Triveneto, Mons. Roberto TOMMASI, insieme al Presidente UCID di Padova, dott. Amedeo LEVORATO.